Podiplomski magistrski program Javna uprava je dvoleten in ga sestavljajo štiri semestri. V prvem in drugem semestru študent izbere po tri obvezne predmete. V tretjem semestru študent izbere eno od treh študijskih smeri (Upravno-organizacijsko, Upravno-procesno ali Upravno-evropsko smer) v okviru katere vpiše dva obvezna predmeta. V tretjem in četrtem semestru se izbere po en izbirni predmet iz skupnega seznama izbirnih predmetov za vse tri študijske smeri. Razporeditev obveznih in izbirnih predmetov v prvi in drugi semester prvega letnika se določa z letnim načrtom pedagoške dejavnosti fakultete.

Vsak obvezni in izbirni predmet magistrskega študija je ocenjen s po 10 kreditnimi točkami (v nadaljevanju KT). Magistrska naloga je ocenjena s 20 KT. Z uspešno zaključenimi preizkusi znanja iz šestih predmetov prvih dveh semestrov zbere slušatelj 60 KT. Tudi v drugem letniku študija zbere študent 60 KT. Študijske obveznosti vsakega od štirih semestrov so ocenjene s po 30 KT. Celotni študij je ocenjen s 120 KT.

Program je zasnovan za izobraževanje delavcev na treh področjih dela v javni upravi in zato zagotavlja študentom kompetence na treh osnovnih področjih:

Upravno-organizacijska smer

Program zagotavlja kompetence vsem, ki se ukvarjajo z organizacijo in vodenjem upravnih organov.

Upravno-procesna smer

Program zagotavlja kompetence vsem, ki izvajajo splošne upravne postopke in posebne upravne postopke.

Upravno-evropska smer

Program zagotavlja kompetence vsem, ki poleg upravnih, izvajajo tudi predpise EU in jih uporabljajo pri svojem delu v Sloveniji ali pa se usposabljajo za službe v EU.